Se hai l'icona di TM in alto a destra scegli la voce Entra in Time Machine.
Se non ce l'hai apri l'app dalla cartella Applicazioni.
Ti apparirà un immagine con delle finestre in prospettiva, idealmente la prima finestra è il presente, e sulla destra vedrai delle date, seleziona il più vecchio che trovi, le finestre al centro si riposizioneranno simulando la visione di quel momento. Nella menu Azioni che trovi dentro la finestra ci sarà la voce Cancella questo backup.
Scegli la voce, ti chiederà conferma, e glielo fai fare. Lascialo lavorare perché ci metterà un po' di tempo, in base a quanto è grande il backup.
Nel caso tu abbia svariati backup più vecchi di un anno, se non hai particolari e motivate ragioni per volerli conservare, puoi cancellarli senza problemi.
E comunque è strano che TM non lo faccia già da solo.
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Non è che stai usando il disco esterno anche per altri scopi ?