Non credo sia possibile, perché lo scopo della sezione "Sul mio Mac" è di tenere organizzati dei contenuti di carattere locale, cioè riferiti solo a quel terminale.
Devi ragionare al contrario e lavorare sui server di posta, creando delle cartelle personalizzate direttamente sul server.
In questo modo, configurando gli account in IMAP sia sul Mac che su iPad, avrai un esatta corrispondenza.