Prima cosa da fare è esportare le foto da FOTO sul Mac all'interno di una cartella, così hai una copia salvata (che poi puoi mettere su un HD esterno o dove preferisci).
Dopo aver fatto questo inizi la pulizia (consiglio sempre dal FOTO sul Mac che è più comodo) e lasci solo le foto che vuoi.
Io onestamente lascerei iCloud Foto attivo per estrema comodità, poi ogni tanto fai l'operazione qui sopra e pulisci.