Bioinformatica, difficile scelta!

[Ciurlo]

Sto frequentando ilcorso di laurea in Biotecnologie presso la Bicocca di Milano, essendo al 2° anno, devo presentare il piano di studi in prossimità del 3° anno.

siccome devo scegliere tra 3 percorsi, ho iniziato a riflettere attentamente su come vorrei che proseguissero i miei studi futuri.

Premettendo che ho deciso di seguire (al 3° anno ) biotecnologie molecolari, sono decisamente indeciso su cosa fare nella specialistica.

Propenderei per bioinformatica, ma nn sò molto bene in cosa consiste, se il bioinformatico è una figura che prende i dati sperimentali , li mette nel computer (mac naturalmente...eheheh) e aspetta le analisi e poi le da a qualcun'altro...beh allora nn mi va proprio, se invece bioniformatica significa generale modelli 3d, fare simulazioni di reazioni ecc allora quello penso mi possa interessare!

C'è quà qualcuno che è nel campo e saprebbe darmi delucidazioni?

thx

P.S. programmazione nn ne ho mai fatta, ma ho 1 annetto per preparami, ho già iniziato a vedere un pò di Java e devo dire che mi piace per ora!

[machicco]

Ciao, io sono un Biologo, laureato con il vecchio ordinamento all'Università di Parma. Ho fatto una tesi in Biochimica e ora sto facendo il Dottorato in Biochimica e Biologia Molecolare. Durante i miei studi ho seguito un corso di Bioinformatica, ma ho solo acquisito capacità nell'utilizzo di alcuni programmi bioinformatici. Nulla che riguardasse il discorso programmazione!

La scelta dipende da te. Qui da noi chi fa il bioinformatico elabora dati e cerca di interpretarli per mezzo del pc, ma il laboratorio non l'ha mai visto. Se ti senti portato per la vita tra provette e pipette allora scegli un indirizzo biomolecolare e vedrai che il tuo amato mac riuscirai ad usarlo.

Spero di essermi spiegato!

[aittam]

la bioinformatica é una brutta definizione per elencare piu' cose ben diverse far loro:

il datamining, che non consiste solo nello spulciare banche date fatte da altri ma anche i propri dati cercando di dargli un senso logico e per fare questo si usano il piu' delle volte software opensource creati da altri ma anche applicazioni sviluppate in proprio

la creazione di tools per il datamining --> é piu' un lavoro di programmazione vero e proprio

l'interfaccia tra i due, una figura che crea softwares specialistici per risolvere un determinato problema biologico, una volta che il software é fatto e si é data la risposta si passa ad una nuova problematica collegata o meno alla precedente

la modellistica molecolare rientra nella terza categoria, sia che tu sia uno strutturista o un cristallografo o un farmacologo

[tetano]

io sono laureato in biotecnologie mediche con il vecchio ordinamento a trieste..

se vuoi avere un'idea piu' chiara sulla bioinformatica, dai un'occhiata a http://www.ebi.ac.uk/ e a quello che fa il nostro gruppo di bioinformatica, http://net.icgeb.org/index.php?id=4

devi essere un po' coder per fare il bioinformatico vero e proprio, e credimi che all'inizio non e' per niente facile... anche nel lavoro normale di laboratorio si fa parecchio uso di software specialistici, per disegnare primers, per prevedere il risultato di reazioni enzimatiche come digestioni, and so on...

fino a un certo punto, ovviamente, poi si regredisce a word e excel per scrivere grants, ma questa e' un' altra storia...

[dawe]

Sto frequentando ilcorso di laurea in Biotecnologie presso la Bicocca di Milano, essendo al 2° anno, devo presentare il piano di studi in prossimità del 3° anno.

siccome devo scegliere tra 3 percorsi, ho iniziato a riflettere attentamente su come vorrei che proseguissero i miei studi futuri.

Premettendo che ho deciso di seguire (al 3° anno ) biotecnologie molecolari, sono decisamente indeciso su cosa fare nella specialistica.

Propenderei per bioinformatica, ma nn sò molto bene in cosa consiste, se il bioinformatico è una figura che prende i dati sperimentali , li mette nel computer (mac naturalmente...eheheh) e aspetta le analisi e poi le da a qualcun'altro...beh allora nn mi va proprio, se invece bioniformatica significa generale modelli 3d, fare simulazioni di reazioni ecc allora quello penso mi possa interessare!

C'è quà qualcuno che è nel campo e saprebbe darmi delucidazioni?

thx

P.S. programmazione nn ne ho mai fatta, ma ho 1 annetto per preparami, ho già iniziato a vedere un pò di Java e devo dire che mi piace per ora!

Ciao, e' passato molto tempo da questo post, e magari hai gia' cambiato idea.

Io lavoro come 'bioinformatico', anche se questo in Italia significa poco o nulla.

Come ti hanno gia' detto bioinformatica significa un sacco di cose. Analizzare i dati e trarre conclusioni e' quello che principalmente si fa in Italia, questo perche' i nostri ricercatori sono poco avvezzi alla programmazione, alla matematica e alla ricerca di algoritmi.

Ad ogni modo anche l'analisi ha i suoi lati positivi, del resto se hai scelto biotecnologie hai scelto una carriera che con le analisi ha molto a che fare.

Per quanto riguarda il resto, beh, la bioinformatica si applica (come avrai avuto modo di imparare) a svariati cambi delle life sciences e probabilmente la modellistica molecolare non e' nemmeno il piu' interessante (anche se le strutture 3d sono affascinanti).

Se posso permettermi di consigliare: impara due linguaggi

- C perche' e' potente e se hai bisogno di creare qualcosa che sia anche performante e' l'ideale. Al C puoi affiancare C++ o, visto che sei un mac user, Objective-C

- Perl. E' terribile in quanto a performance ma, per ragioni storiche, la bioinformatica e' per meta' basata sul perl. E a volte torna comodo.

Se hai bisogno scrivi pure.

[erkk84]

Ciao scusa se mi intrometto, ma facendo informatica ed essendo interessato al mondo della biologia, sarei anche io indeciso su cosa intrapremndere nella specialistica, la quale mi offre appunto anche questa strada di bioinformatica;

volevo chiedere a dawe che tipo di lavoro sta facendo, e in cosa consiste esattamente la bioinformatica, a livello didattico.

ciao grazie

[dawe]

Ciao scusa se mi intrometto, ma facendo informatica ed essendo interessato al mondo della biologia, sarei anche io indeciso su cosa intrapremndere nella specialistica, la quale mi offre appunto anche questa strada di bioinformatica;

volevo chiedere a dawe che tipo di lavoro sta facendo, e in cosa consiste esattamente la bioinformatica, a livello didattico.

ciao grazie

Cosa faccio? Boh, essenzialmente due cose: mantengo e amministro una piattaforma (sia hw che sw) per lo sviluppo bioinformatico. Poi faccio ricerca in ambito bioinformatico io stesso, collaborando con vari gruppi.

La prima parte e' praticamente il sistemista anche se il target non e' proprio standard.

La bioinformatica, almeno per quello che faccio io, comporta due cose:

1- data mining

2- sviluppo

il data mining va per la maggiore, purtroppo. Spesso si tratta di applicare algoritmi inventati da qualcun altro a dati che arrivano dal laboratorio. E' la parte peggiore, secondo me, anche se necessaria.

Molto piu' eccitante e' lo sviluppo, e da informatico sarai d'accordo con me. A volte e' solo il perfezionamento di qualcosa gia' esistente, a volte invece si tratta di scrivere da zero tutto (e questo e' molto raro...).

Mi piacerebbe essere piu' specifico, ma onestamente il campo e' abbastanza vasto, rischio di perdermi. Vuoi sapere qualcosa in particolare?

[erkk84]

mah, più che altro a me interessa più la parte biologica della cosa..so che è una contarddizione per il corso che faccio, però pirtroppo da me biologia la attiveranno probabilmente solo tra un paio d'anni..anche se comunque quello che faccio mi interessa e mi piace...propettive lavirative?tu dove lavori di preciso? grazie della disponibilità comunque

[dawe]

Beh, se parliamo di contraddizioni... io sono laureato in biotecnologie e faccio il mezzo sistemista! :-)

La parte biologica puoi impararla benissimo in un gruppo di lavoro, senza bisogno di fare un corso di laurea. Sara' limitata a quello che fa il gruppo, certo, ma va benissimo.

Prospettive lavorative... eh! Nota dolente. Non Italia. Qui da noi, come saprai, la ricerca di base e' appalto di istituti pubblici o semipubblici, dove e' difficile entrare "per buona volonta'". La ricerca privata e' virtualmente inesistente (parlo sempre di "bio"). Di conseguenza anche la ricerca applicata e' un fantasma. Diciamo che ci vuole una botta di culo non indifferente.

L'esperienza e' che un sacco di laboratori fanno a mano in un mese quello che un buon (ma anche un medio) informatico fa in una settimana al massimo.

Diverso il discorso se vuoi andare all'estero. Posti piu' papabili sono Svizzera, Germania e Regno Unito (sia Inghilterra che Scozia). A seguire gli altri (Spagna, Francia). Fuori dall'Europa c'e' solo l'imbarazzo della scelta.

Io lavoro a Milano, presso l'Istituto FIRC di Oncologia Molecolare. Qui un po' di bioinformatica esiste. Se ne fa un po' anche al San Raffaele.

d

[Ciurlo]

Dovrei laurearmi entro quest'anno ( mi sa che sforerò mannaggia) cmq ho appena termianto uno stage presso il mio ateneo e devo dire che l'idea di fare bioinformatica proprio non mi è passata.

Per lo più mi sono occupato di Docking e dinamica molecolare, con alcuni sprazzi di Omology modelling e sono rimasto colpito dalla bellezza e dalle potenzialiti di tutte queste tecniche.

Per ora sono ancora felice e motivato..speriam bene

[Mollan]

Ciurlo, per caso lo stage di bioinformatica l'hai fatto con Luca De Gioia? Avresti qualche info su questo stage? (io devo farlo quest'anno e sono indeciso su cosa scegliere)

[Ciurlo]

Si che l'ho fatto da lui....tra le altre cose devo sbrigarmi a fare la tesi o mi rinnega....eheheheh!

Comunque lo stage fatto con lui m'è piaciuto un sacco e mi ha confermato la scelta di fare bioinformatica.

Durante lo stage mi sono occupato per lo più di docking molecolare, ho preso 2 proteine e ,dopo averle caratterizzate, trovando possibili siti di legame, dovevo vedere come si legavano.

Un processo un pò monotono, ma divertente e tutt'altro che stupido in quanto prima di spostare dovevi riflettere secondo le caratteristiche degli amminoacidi coinvolti.

La cosa bella è stata che seguivo ( beh in realtà era lei a seguire me) una dottoranda che stava studiando in lab proprio al mia proteina, cosi io facevo le simulazioni al computer e poi loro verificavano sperimentalmente i dati ottenuti.

Luca DeGioia è un ottimo professore, lo consiglio caldamente perchè, quando non ha da fare!!! conta che è sempre presissimo) è gentilissimo e disposto ad aiutarti in tutto.

P.s. se vuoi fare lo stage da lui datti una mossa e vai a parlargli presto e prenotati o finisci che non ci son più posti visto che è molto ambito. ( io ho iniziato a ottobre-novembre del 3° anno e fatto fino a marzo circa, cosi non ho saltato troppi appelli e ira devo solo fare tesi e finire qualche esamuccio ( giusto 4-5 :P ).

[Mollan]

Si che l'ho fatto da lui....tra le altre cose devo sbrigarmi a fare la tesi o mi rinnega....eheheheh!

Comunque lo stage fatto con lui m'è piaciuto un sacco e mi ha confermato la scelta di fare bioinformatica.

Durante lo stage mi sono occupato per lo più di docking molecolare, ho preso 2 proteine e ,dopo averle caratterizzate, trovando possibili siti di legame, dovevo vedere come si legavano.

Un processo un pò monotono, ma divertente e tutt'altro che stupido in quanto prima di spostare dovevi riflettere secondo le caratteristiche degli amminoacidi coinvolti.

La cosa bella è stata che seguivo ( beh in realtà era lei a seguire me) una dottoranda che stava studiando in lab proprio al mia proteina, cosi io facevo le simulazioni al computer e poi loro verificavano sperimentalmente i dati ottenuti.

Ottimo, la cosa mi piace già

Luca DeGioia è un ottimo professore, lo consiglio caldamente perchè, quando non ha da fare!!! conta che è sempre presissimo) è gentilissimo e disposto ad aiutarti in tutto.

Si, ho avuto modo di conoscerlo all'esame di chimica generale...è una persona fantastica

P.s. se vuoi fare lo stage da lui datti una mossa e vai a parlargli presto e prenotati o finisci che non ci son più posti visto che è molto ambito. ( io ho iniziato a ottobre-novembre del 3° anno e fatto fino a marzo circa, cosi non ho saltato troppi appelli e ira devo solo fare tesi e finire qualche esamuccio ( giusto 4-5 :P ).

Si? cazz quelli del mio anno allora sono un po' stupidi

Pensa che si sono iscritti in tanti...e poi quasi tutti hanno rinunciato perchè hanno trovato un altro posto...e il povero De Gioia è rimasto con pochissimi studenti.

Domani vado a informarmi da lui sullo stage... poi farò sapere

p.s. 4-5 esami arretrati imho è buono... io ne ho 11 :'( (di cui 7 sono del primo semestre del 1 anno...e non ho potuto seguire corsi nè dare appelli)...